Khoa Kế toán thành  lập năm 1963 với tên gọi ban đầu là Khoa Tài vụ - Kế toán. Các chuyên ngành  thuộc Khoa quản lý và đào tạo lúc đó bao gồm: Tài vụ công nghiệp; Tài vụ XDCB; Tài vụ nông nghiệp; Tài vụ thương nghiệp; Kế toán công nghiệp; Kế toán XDCB; Kế toán nông nghiệp; Kế toán thương nghiệp.

Đầu năm học 1966 - 1967, Khoa Tài vụ - Kế toán các ngành kinh tế quốc dân tách ra thành hai khoa: Khoa Kế toán các ngành (gồm các bộ môn: Kế toán Công nghiệp, Kế toán Nông nghiệp, Kế toán Thương nghiệp, Kế toán XDCB) và Khoa Tài vụ các ngành (gồm các bộ môn Tài vụ Công nghiệp, Tài vụ Nông nghiệp, Tài vụ Kiến thiết cơ bản (XDCB), Tài vụ Thương nghiệp).

Trong những năm chống Mỹ cùng với sự phát triển của nền kinh tế, yêu cầu về đội ngũ Cán  bộ Tài chính kế toán ngày càng cao, số sinh viên của khoa ngày càng tăng cao. Nhà trường phân tán theo từng khu vực, dàn mỏng trên một tuyến dài gần 20 km qua các địa điểm: Đồng Quế, Yên Sơn, Đoàn Kết, Đạo Nội, Trường Xuân, Thành Công, Đức Thịnh và Yên Thiết, trong đó khu Yên thiết (thuộc xã Quang yên) là trung tâm của Khoa Kế toán

Tập thể sư phạm khoa Kế toán đầu những năm 1990 tại Phúc Yên – Mê Linh – Vĩnh Phúc

Với sự cố gắng nhiều mặt, Khoa Kế toán đã hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ giảng dạy cho các khóa chính quy dài hạn từ khóa I đến khóa V, các khóa chuyên tu từ khóa I đến khóa III tại nơi sơ tán, số cử nhân kế toán đã tốt nghiệp trong giai đoạn 1963-1970 gần 1.000 Người. Số Cán bộ kế toán này đã đáp ứng kịp thời nhu cầu về Cán bộ kế toán có trình độ đại học cho các ngành kinh tế trong giai đoạn hiện tại, nhiều Cán bộ đã phát huy tốt kiến thức được đào tạo và giữ những trọng trách lớn trong các cơ quan Đảng và Nhà nước.

Năm 1970 cùng với toàn trường, Khoa Kế toán đã thực hiện cuộc đại di chuyển từ nơi sơ tán xã Quang yên – Lập thạch về khu vực thị xã Phúc yên tiếp tục học tập và giảng dạy. Những ngày đầu ở địa điểm mới, địa bàn cư trú và hoạt động chủ yếu của Khoa Kế toán là các khu vực Xuân Phương, Khúc Lớn thuộc xã Phúc Thắng, huyện Mê Linh. Nhà tranh tre được nhanh chóng  được dựng lên làm hội trường học tập, phần lớn giáo viên, sinh viên phải ở nhờ nhà dân thuộc các xã lân cận: Khả Do, Phúc Thắng, Tiền Châu, Đạo Đức, Xuân Phương... trải dài gần 10km. Công cuộc xây dựng và phát triển kinh tế ngày càng được mở rộng trên phạm vi cả nước đòi hỏi đội ngũ Cán bộ quản lý kinh tế phải được tăng cường cả số lượng và chất lượng, ngày 27 tháng 10 năm 1976 Hội đồng Chính phủ đã ra Quyết định đổi tên trường từ trường: Cán bộ Tài chính Kế toán Ngân hàng Trung ương, thành trường Đại học Tài chính - Kế toán Hà Nội. Khoa Kế toán được xác định là một trung tâm đào tạo và nghiên cứu về khoa học tài chính kế toán của đất nước, có nhiệm vụ đào tạo và cung cấp những Cán bộ có trình độ đại học chuyên sâu về nghiệp vụ tài chính kế toán cho toàn ngành và toàn bộ nền kinh tế.

Các nhà khoa học của Khoa Kế toán tham gia nghiên cứu về Kế toán, Kiểm toán tại các nước thuộc Liên minh Châu Âu

Trong những năm đầu của thời kì đổi mới, khoa Kế toán tổ chức đào tạo chuyên ngành Kế toán doanh nghiệp sản xuất, chuyên ngành kế toán doanh nghiệp Thương Mại và được cơ cấu thành các bộ môn: Bộ môn Kế toán doanh nghiệp sản xuất; Bộ môn Kế toán doanh nghiệp thương mại; bộ môn Lý thuyết Hạch toán Kế toán. Để đáp ứng sự phát triển của ngành kiểm toán, Bộ môn Kiểm toán đã được thành lập từ năm 2001 và khoa chính thức tổ chức đào tạo chuyên ngành Kiểm toán từ năm 2004 – là một trong những trường đại học đầu tiên của cả nước đào tạo về chuyên ngành Kiểm toán. Có thể khẳng định rằng, trong những năm đầu của thời kì đổi mới, đào tạo ngành kế toán ở Học viện Tài chính đã có những thành công vượt bậc với sự gia tăng về quy môn, đổi mới căn bản về nội dung, chương trình và phương pháp giảng dạy phù hợp với yêu cầu của nền kinh tế thị trường định hướng XHCN và đổi mới quản lý nền kinh tế.

Năm 2016, bộ môn Kế toán doanh nghiệp được cơ cấu và tổ chức thành 2 bộ môn là bộ môn Kế toán Tài chính và bộ môn Kế toán quản trị. Như vậy, hiện nay, khoa kế toán bao gồm 4 bộ môn: bộ môn Kế toán Tài chính, bộ môn Kế toán quản trị, bộ môn Lý thuyết hạch toán Kế toán và bộ môn Kiểm toán với 3 chương trình đào tạo Kế toán doanh nghiệp, Kiểm toán, Kế toán quản trị và kiểm soát quản lý (bao gồm chương trình đào tạo chuẩn và chương trình đào tạo KTDN chất lượng cao định hướng ACCA; chương trình đào tạo chuẩn và chương trình đào tạo Kiểm toán  CLC định hướng CFAB của ICAEW; chương trình đào tạo Kế toán quản trị và kiểm soát quản lý định hướng CMA). Năm 2022, chương trình đào tạo ngành Kế toán của Học viện Tài chính đã được kiểm định đạt yêu cầu chất lượng và đã được cấp giấy chứng nhận đảm bảo chất lượng giáo dục của Trung tâm kiểm định chất lượng giáo dục thuộc Hiệp hội các Trường Đại học Cao đẳng Việt Nam.

Trong hơn 63 năm qua, Khoa Kế toán đã không ngừng trưởng thành và lớn mạnh. Từ chỗ ban đầu chỉ có 7 cán bộ, giảng viên, đến nay (tại thời điểm tháng 4/2026) tổng số cán bộ, giáo viên trong Khoa đã lên tới 69 người và 12 giảng viên kiêm chức. Hàng năm, số sinh viên tốt nghiệp hệ đại học chính quy các chuyên ngành do khoa quản lý vào khoảng từ 1.200 – 1.300 sinh viên, tổng quy mô đào tạo trên 5.000 sinh viên; gần 300 cao học viên và gần 100 NCS chuyên ngành kế toán. Trong suốt quá trình hình thành và phát triển, Khoa đã tham gia đào tạo hàng vạn sinh viên, hàng ngàn Thạc sĩ các chuyên ngành Kế toán và gần 200 Tiến sĩ chuyên ngành Kế toán cho đất nước. Nhiều cựu sinh viên của khoa hiện đang đảm nhiệm những trọng trách quan trọng trong bộ máy quản lý –lãnh đạo của đất nước từ Trung ương đến Địa phương, góp phần làm rạng danh truyền thống của Học viện Tài chính nói chung và của Khoa Kế toán nói riêng.